在大同地区,民间一直流传着一个动人的传说。故事背景设定在明代正德年间,当时年少的正德皇帝刚刚继位,因性格贪玩,导致朝中大太监刘谨得以专权,甚至勾结胡人,意图篡夺皇位。皇太后及一众大臣对此深感忧虑,为江山社稷忧心忡忡。
为了调查刘谨内外勾结的罪证,正德帝借观赏大同民俗之名,带着侍从小虫儿微服私访至大同。在凤临阁用餐时,正德帝无意间卷入了一桩命案,并因此结识了凤临阁的老板娘凤姐。
这桩命案实为市井泼皮曹虎所为,他企图陷害凤姐,以抢夺凤临阁的生意。曹虎仗着叔父是大同总兵,在大同地区勾结官府,肆意妄为,甚至将正德帝等人抓入牢中。凤姐却误会了乔装成商贾侯公子的正德帝,以为他是来栽赃陷害自己的。曹总兵发觉误抓了正德帝后,惊慌失措,与知府商议后决定将错就错,不揭露皇上真实身份,而是秉公宣判,抓起曹虎,放了正德帝。
经历一场虚惊后,凤姐得知误会了侯公子,心中深感不安。而侯公子也对这位爽快泼辣、美貌动人的凤姐心生爱慕,邀请她作为向导,一同游玩云岗石窟等名胜。凤姐欣然答应,并在陪同过程中让正德帝发现,这位民间女子竟对名胜古迹的历史渊源了如指掌,令他惊诧不已。
远在京城的刘谨对正德帝的大同之行心生怀疑,但得到密报后得知正德帝真的是去玩乐,并看上了一个民间女子,不禁大喜。他指使安插在正德帝身边的眼线小虫儿伺机下毒,企图除掉正德帝。同时,为了掌握顾命大臣李东阳的动向,刘谨甚至忍痛割爱,将身边的宠妾刘兰儿送给了李东阳。
然而,小虫儿在正德帝的茶碗里下了毒后,却于心不忍,一把打翻了毒茶。刘谨得知后冷笑一声,表示还有另一招可以置正德帝于死地。原来,他已经与胡人串通好,计划在云岗一带伏击正德帝,结果被曹总兵的人马打败。
此时,京城李东阳派来密探,告知正德帝朝廷混乱,刘谨蠢蠢欲动,须速速回京。正德帝与凤姐依依不舍地分别后,曹总兵以护驾为名,将三万兵马驻扎到京城郊外,以震慑刘谨。刘谨见状,导演出舍命护驾、剜肉配药等自编自演的好戏,假装出一副忠臣的模样。正德帝佯装中计,重用刘谨,引起朝内大臣的不安。
正德帝又与李东阳密谋,决定再去大同,给刘谨暴露谋反的机会,以获取证据除去这个奸臣。而在大同的凤临阁中,凤姐日夜思念着侯公子(正德帝),却被逃出大牢的曹虎纠缠。曹虎设计给凤姐的茶里下了迷花散,企图占有她。就在关键时刻,正德帝赶到,曹虎逃跑,但正德帝却误会了凤姐。
曹虎又设毒计陷害侯公子(正德帝),就在正德帝被押解到树林里性命危急之时,曹总兵及时赶到救出正德帝。此时大家都已知正德帝的真实身份,只有凤姐还蒙在鼓里。
刘谨以为篡权时机已到,忙着准备龙袍、玉玺,择日登基。而李东阳也以为除去刘谨一伙的条件成熟,让皇太后装重病找皇上回京。这时身在大同的正德帝已经与胡人小王子和好,免去了边关的忧患。凤姐与侯公子的感情也日益深厚,两人终于结合在一起。得京城密报后,正德帝焦急万分,但凤姐却看出破绽,劝正德帝秘密速回京城除去刘谨这个心腹大患。
正德帝悄然回京后秘密指挥李东阳等忠臣调取刘谨的罪证。刘谨得知凤姐怀有身孕后想在凤姐身上大做文章,不料凤姐得知刘谨的诡计后忍痛打胎让刘谨的阴谋破产。李东阳想出计策以在大同一带发现元代藏宝密址为诱饵把刘谨调出京城。就在刘谨为藏宝的事奔忙时李东阳已经清除掉刘谨在京城的势力。刘谨得到急报后班师回京但为时已晚。回京路上正德帝领御林军截住刘谨大战一场并用刘谨教给的借刀杀人之计还施彼身除掉了刘谨。
正德帝欲接凤姐回宫不料凤姐坚决不从说自己是一个民间女子不能影响正德帝的治国大事。正德帝欲强行带走凤姐并封了凤临阁。凤姐宁可出家做尼姑也不去京城。正德帝火烧尼姑庵想逼凤姐出来不料凤姐宁死也不愿走出尼姑庵。正德帝追悔莫及再去扑火时已经晚矣。
深爱凤姐的正德帝心灰意冷下旨凤临阁永远不准开业除非凤姐死而复生。皇太后也曾竭力反对这件事让正德帝在美人与江山之间只能择其一。如今凤姐已死正好断了正德帝的想念。正德帝只好听从皇太后的旨意同意与胡人之公主联姻返回京城重整大明江山。而凤姐对正德帝的警悟和鼓励也终于使他认识到自己肩负的使命决心做一个为国为民的好皇帝不再贪玩而从此一心于朝政。