影片《香水佳人》讲述了在改朝换代的大背景下,前清举子林庆祥的人生陷入苦闷与迷茫。他原本光明的前途瞬间化为泡影,回乡途中又被乱兵剪去辫子,受尽屈辱,甚至一度想结束自己的生命,幸得同乡陆长远相救,二人一同返乡。
陆长远从广州某西洋学堂毕业,身为香山县长之子,生活无忧无虑,充满活力。他天性淳朴,不屑于政客的勾心斗角和商人的唯利是图,却与落魄的林庆祥成为挚友。林家族亲为让林庆祥振作,为他安排了婚事。林庆祥偷偷窥看新娘,却被媒婆安排的丫鬟阿香的美貌吸引。
大婚当日,林庆祥发现新娘竟是脸上有胎记的徐蕙茹,而非阿香。原来,蕙茹自幼与阿香情同姐妹,阿香是村里闻名的美人。林庆祥不甘心与蕙茹同房,而蕙茹却主动承担起林家上下的事务,赢得了邻里的贤惠之名。陆长远开玩笑让林庆祥纳阿香为妾,没想到这一句玩笑,却改变了阿香与陆长远的命运。
陆长远并不知道,自己朝思暮想、在街角偶然撞到的绝美女子就是阿香。阿香懵懵懂懂地嫁入林家,而陆长远得知真相时,已悔之晚矣。他深爱着阿香,可林庆祥却横在两人中间。这份爱愈发浓烈,最终导致兄弟反目,陆长远远走南洋。
在蕙茹与阿香的打理下,林庆祥过着衣食无忧的日子。然而,因与保皇党的牵连,林庆祥入狱。为营救他,蕙茹与阿香变卖一切,阿香甚至惨遭陆长远父亲陆县长的强暴。最终,她们只得到林庆祥的一具尸体。姐妹二人回到娘家,却因阿香的事被徐家不容。蕙茹默许陆长远携阿香私奔。
陆恩庭得知儿子离家出走后,雷霆震怒,拘禁徐家老爷,派叶中天四处寻人。叶中天找到陆长远后劝其回头,陆长远震惊于父亲的禽兽行为,也无法原谅阿香,最终抛下阿香独自离去。
阿香孤苦无依,在蕙茹的照料下,为林庆祥产下遗腹子振国。姐妹二人相依为命,期间多次被叶中天刁难。艰难时刻,船运商人乔治的出现改变了阿香的人生轨迹。在乔治的协助下,阿香开始经商,从纽扣做起,逐渐发展成为香山买办商人中的一员。
阿香的成长让叶中天深深恐惧,他利用广州政变的契机,暗杀陆县长,嫁祸阿香。在陆长远、杜时铭等人的营救下,新任县长释放了阿香。但阿香拒绝了陆长远的感情,那些不堪回首的记忆让她无法释怀。
阿香与叶中天已是不死不休的局面,她绕过叶中天的势力在码头兴建仓库,叶中天则发狠烧掉阿香货物。阿香转而搞起航运生意,与叶中天对抗。陆长远默默帮助阿香,却心惊于她的变化。当假死的陆恩庭重新当上县长后,阿香甚至答应嫁给年逾半百的陆县长以对抗叶中天,为此与蕙茹决裂。
然而,新婚之夜却蕴藏一场惊天阴谋,陆恩庭被鸩杀,所有证据皆指向阿香。这一次,阿香输到无话可说。就在临刑前最后一晚,阿香找叶中天到狱中密谈,第二天便扬帆出海,永离香山。
时光荏苒,七年后,日军准备大举侵华,香山商业举步维艰。叶中天背靠日本势力成为香山霸主,香山商会在其打压下勉力支撑。此时,一艘运输船抵达香山,船的主人竟是当初只身离开的阿香。她利用军方关系,经营着纵横南洋东海的运输网络,带着政府的手令重回香山。
陆长远苦等阿香多年,拒绝了表妹的爱恋。蕙茹无时无刻不想念阿香,振国也已长大成人。但阿香不敢相信的是,振国的心上人竟是仇人叶中天的女儿叶青。振邦也回来了,与蕙茹母子相认。
叶中天在日本人支持下殊死一搏,但此时的阿香已成为一个成熟的商人,对于叶中天的疯狂她一一自如应对。叶中天孤注一掷走私军火,却被阿香算计后身陷囹圄。这一次,是阿香到狱中找叶中天密谈,叶中天不得不交出全部产业,黯然离开香山。
商场征战起起伏伏,阿香成功打造了自己的航运事业,却在情场上输得一干二净。再次面对陆长远,她不知是恨还是爱。成为香山商会会长的阿香注定无法享受平静,面对日军的铁蹄和叶中天的背叛,她心力憔悴。振国加入了抗日组织,陆长远惨死,蕙茹牺牲,阿香更是让振国炸掉自己的运输船以阻止日军军舰进入香山。
抗战胜利后,举国欢庆,而在香山某个残破的房间中,阿香却有着一丝失落。她从一个丫鬟成长为商界奇女子,改变了自己的人生轨迹,却似乎并未真正挣脱宿命。物是人非,那些永远离开的人让她不禁发出一声叹息。