在创圣纪0011年的地球,一场突如其来的大异变让人类社会遭受重创,全球人口锐减三分之二。南极冰川加速消融,揭示了一个被遗忘的远古秘密——一万两千年前消逝的亚特兰蒂亚文明竟奇迹般重现人间。随之复苏的,还有拥有羽翼的神秘种族「堕天翅族」,他们携带生物机械兵器「神话兽」向人类世界发起侵袭,以掠夺人类生命能量「Purana」为生,将人类文明推向了毁灭的边缘。
面对前所未有的危机,人类并未屈服。科学家们从沉睡的海底遗迹中发掘出三台具备合体能力的传奇战斗机「Vector Machine」,这些正是万年前将堕天翅族逼入绝境的终极武器。通过精密的科技与古老的智慧,Vector Machine被赋予了新的生命,它们能够合体成为超凡入圣的「机械天使Aquarion」,象征着人类对抗邪恶的最后希望。
然而,要驾驭这股超越时代的力量,需要的是拥有特殊感应能力的「Element」——他们必须拥有超越常人的敏锐五感与未被世俗玷污的纯真心灵。经过层层筛选,一群十五岁左右的少年少女脱颖而出,他们被赋予了守护人类的重任,聚集在一起接受严苛的训练,只为在关键时刻与Aquarion产生共鸣,成为真正的机师。
随着堕天翅族的攻势日益猛烈,人类世界的命运悬于一线。终于,在无数次生死考验与信念的磨砺下,「机械天使Aquarion」迎来了它的合体时刻。当三台Vector Machine在光芒中融为一体,机械与生命的奇迹交织绽放,Aquarion以不可阻挡之势崛起,与堕天翅族展开了决定人类存亡的终极对决。在这场跨越时空的较量中,少年少女们将如何以青春与热血,书写属于人类的传奇篇章?