湄洲岛奇缘是一部发生在大陆与台湾之间的感人故事。故事始于一九四六年台湾光复后,在海南某码头,当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄,带着身怀六甲的妻子阿清,终于登上了返回台湾的“安祥号”轮船。然而,命运弄人,轮船在返乡途中失去动力,陷入了困境。更糟糕的是,阿清即将临盆,在船上艰难地生下了一对可爱的双胞胎,林海安和林海祥。
在分离的时刻,林志雄夫妇不得不做出一个艰难的决定,将亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上,然后带着深深的眷恋和不舍,返回了台湾。从此,两岸相隔,相思成疾,数十年间,他们只能隔海相望,心中充满了无尽的思念。
时光荏苒,五十多年后,林海安的儿子林永吉随台湾妈祖信徒进香团来到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影,并在此地寻亲。一次意外中,他失足落水,被湄洲姑娘杨秀湄救起。在朝夕相处中,两人默默地相爱了。然而,命运再次捉弄了他们,永吉的母亲无意中发现秀湄竟是永吉的堂妹,为了防止日后发生悲剧,她断然阻止了孩子们之间的继续交往。
痛苦欲绝的秀湄和心冷彻骨的永吉陷入了深深的绝望之中。然而,就在他们几乎要放弃的时候,秀湄的父亲讲述了一个藏在内心深处多年的离奇而又动人的往事。原来,秀湄并非林家的亲生女儿,这个秘密的揭露为他们的爱情带来了新的希望,也让这段跨越海峡的奇缘得以延续。